Skuter wodny jest tzw. małym statkiem i jednostką ślizgową – podstawowe zasady bezpieczeństwa podczas pływania z dużymi prędkościami będą tu więc takie same, jak dla klasycznych jachtów motorowych. Sternika skutera wodnego obowiązują także wszystkie obligatoryjne procedury związane z przestrzeganiem przepisów i standardami zachowania na wodzie.
Przy ocenie warunków panujących na akwenie (dostateczna ilość miejsca, stopień zafalowania, natężenie ruchu) należy brać po uwagę istotny parametr – głębokość wody, po której pływa skuter wodny nie powinna być mniejsza niż 60 cm (zassany przez turbinę piasek lub zanieczyszczenia z dna, mogą doprowadzić do jej uszkodzenia).
Awaryjny wyłącznik zapłonu przypięty do nadgarstka to rzecz oczywista – należy pamiętać jednak, że sternika i wszystkich pasażerów skutera wodnego obowiązuje (egzekwowany prawem) nakaz noszenia zapiętych kamizelek wypornościowych przez cały czas pływania, niezależnie od warunków pogodowych i szybkości lub rodzaju manewrowania.
Manewrując skuterem wodnym w pobliżu kąpiących się ludzi, nie wolno gwałtownie otwierać przepustnicy (dodawać gazu) – zanieczyszczenia z wody lub drobiny zassane z dna i wyrzucane z ogromną siłą przez dyszę wylotową mogą doprowadzić do poważnych obrażeń u osoby, która znalazłaby się za rufą.
Po wywrotce do góry dnem – co w przypadku skuterów wodnych zdarza się dość często – maszynę należy podnieść, obracając kadłub we wskazanym w instrukcji kierunku, czyli przez właściwą burtę (instrukcja dotycząca kierunku obracania umieszczona jest zazwyczaj na kadłubie). Po postawieniu skutera na jego pokład można dostać się bezpiecznie tylko od strony rufy, korzystając z przeznaczonej do tego platformy (ang. reboarding). Próba wydostania się z wody przez burtę spowoduje ponowne wywrócenie kadłuba do góry dnem. Niektóre modele skuterów wyposażone są w komory wypornościowe powodujące samoczynny, prawidłowy obrót maszyny po wywrotce.
Skutery wodne – ze względu na swoje specyficzne właściwości nautyczne – bez odpowiedniej siły napędu błyskawicznie tracą manewrowość i zaczynają dryfować. Większość współczesnych modeli ma więc zaprogramowaną prędkość manewrową (jedna z funkcji manetki gazu). Skuterem poruszającym się poniżej tej prędkości – na przykład spowolnionym przez hamowanie – nie da się skutecznie sterować.